Então, o programa que você está usando não faz a formatação em baixo nível propriamente dita, pois a formatação em baixo nível estraga o hd, pois apagam os sinais do servo. Esse tipo de formatação era usada nos primeiros modelos de hd (ST-506 e ESDI) que usavam motor de passo (igual ao que o disquete usa) para selecionar a trilha que ele quer ler. Por exemplo, para mover as cabeças da trilha 0 até a 264 seriam necessários enviar 264 comandos "suba uma trilha" para os motores que contolam as cabeças, portanto a inexistência desses sinais do servo, que dizem aos hds modernos onde a cabeça de leitura está, não era problema, porque as cabeças pulavam trilha a trilha até achar a trilha que o computador queria. Bom, basta olhar a velocidade duma unidade de disquete pra ver o quanto esse processo é devagar.
Os programas modernos não fazem formatação de baixo nível, e os hds modernos tem uma proteção contra esse tipo de formatação, cortando o sinal que fala para apagar fisicamente os setores do disco. O que esses programas fazem, na verdade, é preencher de 0 todos os setores do disco rígido, fazendo com que os dados não possam ser lidos por programas que recuperam informações apagadas, como o easy recovery da ontrack.
Agora, vai que alguém ache um programa antigo de formatação em baixo nível e resolva tentar num hd moderno, depois é só jogar o hd fora. Como diz o GT num dos livros dele: Hds IDE não são para serem formatados em baixo nível. E ponto final.