Eu posso estar falando besteira, mas se não me engano para o Hamachi funcionar via Proxy tem que ser a versão comercial.. Não sei se é verdade, mas já li algo semelhante em algum site..
EDIT: Mas como o Google é a solução para todos, pelo menos deveria ser.. Achei isso aqui:
Resolution
In Internet Explorer:
Go to Tools > Internet Options > Connections > LAN Settings.
If everything in there is blank, set auto-detect on, and OK all the windows.
If it's not blank, note the proxy settings down, and OK all the windows.
If a proxy script is listed, you'll need to get the proxy server information from your system/network administrator.
In Hamachi:
Go to Preferences > Detailed Configuration > and
If using Auto-Detect in IE, set the proxy setting to Disabled
If using a proxy, enter the settings from IE in there.
If a script is used in IE, use the settings your admin has given you for proxy connectivity.
Quem tiver conexão via proxy e quiser tentar, boa sorte.. espero ter ajudado..