Olha... Se o cabo segue o padrão cat6, e é de boa qualidade... É so vossa senhoria em cada uma das placas de rede configurar-las em 1000, full-duplex e se as placas de rede tiverem o recurso de receive e transmit buffers experimente deixar-los configurados no máximo na configuração.
Se as placas forem de boa qualidade (Intel, 3com) provavelmente elas acompanham algum recurso de medição de colisão no próprio driver ou programa semelhante, no caso de começar a ocorrer muita colisão diminua gradativamente as configurações de buffers.
Se uma placa 1000 não atender sua demanda de altíssima performance, eu recomendaria uma hba da q-logic de 4gb em cada uma das pontas com o cabo óptico próprio alem de um switch de boa qualidade (Cisco, Linksys, 3com [anda meia boca ultimamente...]).
Boa sorte !