Então amigo, pelo que entendi, o programa de instalação não está detectando seu antigo SO, ou seja, deve ter mais algum problema além do system corrompido ou ausente, nesse caso os arquivos faltantes ou corrompidos devem ser substituidos manualmente através do Console (o procedimento que o colega Djoni Filho passou), mas é bem provavel que o sistema não tenha reparo. Se fizer a instalação por cima, vai instalar o sistema em uma raiz diferente da já encontrada no disco, por exemplo, o padrão é C:\WINDOWS, no caso o SO vai instalar em um outro caminho, tipo C:\WINDOWS1, dessa forma vão ficar dois SOs instalados na máquina sendo que apenas o novo funcionará (se selecionar o antigo vai dar o mesmo erro), recomendo fazer isso apenas para tentar recuperar seus documentos e dados pessoais da instalação antiga, depois que tiver tudo salvo em um local seguro, formate tudo e reinstale do zero. Qualquer coisa poste novamente.