Na minha análise, vejo que espalhar manualmente a pasta causa uma resistência de fora para dentro > < como se fosse um muralha impedindo que a pasta presente mais ao centro se espalhe corretamente, já colocando um ponto, a pasta corre livre a medida que a pressão é exercida (de dentro para fora < >), o que facilita a criação de uma camada mais fina possível (que para mim é o ideal) que corrija apenas as imperfeições do contato entre o processador e cooler.
Porém o método do ponto se vale de que a pasta seja espalhada de maneira uniforme sobre o processador e base consequentemente, então se espera que a colocação também seja uniforme, ou seja, no centro e nada de colocar o cooler meio de lado e ficar sambando com ele sobre a base (isso é possível em alguns sockets, principalmente 462/370 e antecessores) de maneira que a pasta não se espalhe mais para um lado do que para o outro.
Confesso que na técnica de espalhar, existe um certo tom de profissionalismo pelo trabalho que dá (eu mesmo já gastei muito tempo da minha vida nisso ), mas é a vida, muita vezes lutamos para reconhecer que o simples é o melhor.