Olá Ivan.
Você a tem há muito tempo? Quer dizer, se ainda tem tempo em garantia e há possibilidade da troca? Se sim, não pense duas vezes antes de começar a mexer.
Talvez seja o rolamento com desgaste prematuro. Acho difícil encontrar reposição original do cooler. Mas tem algumas alternativas.
A minha é com fan central, toda fechada. Pra se ter acesso, eu tenho que desparafusar a carenagem da PCB e também os 4 parafusos que provêm o contato do dissipador na GPU. Carenagem e dissipador + fan são praticamente um só. Aí eu tenho acesso à fan, por dentro, só não me lembro se dá pra retirá-la.
Lembrando que a minha é o modelo ZABC, que pode não ter a mesma disposição de parafusos e etc. que a sua. Que fique claro que não o estou encorajando a abrí-la.
Só pelo que você descreveu fica difícil saber...
Edit: O Ramon foi mais rápido que eu!
[]'s