Como eu disse Eli, pode ser coincidência, já tentou deixar o fan normal novamente? (só ligando quando tem demanda e temperatura).
O problema de deixar ligado é que as soldas atuais da maioria das placas, de vídeo ou mãe e qualquer outra, não tem mais chumbo na composição, geralmente você vê na PCB um "Pb" num círculo cortado indicando essa ausência, o fato é que quando as placas são descartadas o chumbo é muito poluente e por normas ecológicas ele foi retirado da solda, o porém disso é que o restante da composição da solda não tem a mesma maleabilidade do chumbo e não se dão muito bem com a oscilação constante de temperatura (na física estudamos que qualquer matéria tem massa diferente quando esfriada e aquecida, lembra?!), aí que acontece o famigerado do problema de BGA, com esses metais mais "duros" da solda "racham", pois expandem quando aquecem em uso, o que é normal até certo ponto, e encolhem demais quando o fan está ligado direto (imagine que com o fan ligado o tempo todo num dia frio, sua placa de vídeo varia de uns 20°C até 70~80°C, é uma variação muito grande, enquanto quando liga apenas na demanda ela varia de 40~50°C até os mesmos 70~80°C, que são temperaturas seguras para o silício, e claro existem muitas variáveis como temperatura ambiente a própria solução de refrigeração da placa e etc), então, chegando ao ponto de o fan não ficar ligado direto, é para manter uma temperatura constante e uniforme, até porque se você monitorar as temperaturas e clocks da placa verá que quando não está em demanda elas não estão tão quentes, isso é paranoia de pessoal mais antigo, quando mesmo parada as placas ainda geravam calor, faça o monitoramento e veja, recomendo usar o HWinfo, e o outro ponto para não ficarem ligadas direto é para preservar o próprio fan, que se em uso constante com certeza se desgasta mais rapidamente e nisso uma parada repentina é pior, assim como dano da BGA é pior do que manter o chip em temperatura equilibrada.
Bom ficou grande, mas acho que está bem explicado.