Tem a haver com o funcionamento do carregador.
Ele não funciona simplesmente lendo o nível de carga:
Ele pode trabalhar monitorando a tensão. Desta forma, para uma pilha de 1.5v, quando a tensão chegar a um nível pré-determinado, por exemplo, 1.8v, ele automaticamente entre no modo de finalização da carga, em que fica até uma hora com cerca de 10% da corrente de carga para garantir uma carga completa com segurança.
Ele pode também monitorar a temperatura. Assim, quando as pilhas chegarem à carga ideal elas irão esquentar mais rapidamente, e o carregador entra no modo de finalização de carga.
O que ocorre com o seu carregador provavelmente é que ele entra em modo de finalização de carga de novo quando você reconecta ele na tomada.