@CloudZ
Em slots PCI-EX, tem duas características: a parte física e a parte elétrica..
Na parte física, sim, são dois slots x16.. O primeiro (cinza) e o último na imagem abaixo..
O slot cinza é ligado diretamente ao soquete do processador, pois é ele quem controla aquele slot.. Ali são 16 pistas PCI-Express (daí o "x16")..
O último slot é controlado pelo chipset da placa-mãe.. Nisso, a fabricante precisa levar em conta as características e limitações do chipset, sobre a quantidade de pistas PCI-Ex que ele fornece.. Aí entra a parte elétrica da coisa, como mostra a imagem abaixo:
Repara que a solda do primeiro slot é BEM maior que a solda do último slot.. A ASUS escolheu usar um slot fisicamente x16, mas o limitou eletricamente em x4, muito provavelmente por conta do chipset.. Ainda tem o fato da placa ter um slot M.2, que nessa época ainda era controlado pelo chipset..
Aliás, olha no manual, pra ver se esse slot funciona com um M.2 instalado..