A diferença é
CX500M = cabos semi-modulares, você já tem conectados os cabos principais, e no caso de precisar de mais só conecta na fonte os cabos que vai usar = mais organização interna. Vide http://www.corsair.com/pt-br/cx-series-cx500m-modular-atx-power-supply-500-watt-80-plus-bronze-certified-modular-psu
A que você falou é essa http://www.corsair.com/pt-br/cx500-80-plus-bronze-certified-power-supply
Sobre desperdício só será de dinheiro (vai que tenha um upgrade grande no futuro, a cx600 na teoria pode segurar com folga esse upgrade, e com isso evitar a compra de uma nova fonte).
De energia não haverá desperdício, pois a fonte irá entregar apenas o que os componentes pedirem. Se os componentes pedirem 200w ambas irão entregar 200w.
Pode ser que por entregar pouca energia para a quantidade que foi dimensionada a fonte comece a apresentar alguns problemas. Exemplo: Colocar uma fonte de 1000w em uma configuração que puxa apenas 200w..... Algumas pessoas dizem que dá problemas (eu não sei de nada, então fico quieto, mas o faller deve saber de algo).