As vezes as placas da Asus fazem isso mesmo amigo, você liga elas dão um "tranco" depois você pede para ligar novamente e elas ligam.
Se for fazer o processo faça ele por completo sem pular nenhuma etapa, fazendo ele apenas em partes pode ser que estrague ao invés de consertar.
Se você desligar na fonte com o pc ligado ai sim danifica, mais desligar com ele já depois de desligado não danifica!
Essa luz verde que você fala é a do nobreak??
Se for essa luz do nobreak não tem problema isso ai significa que ele esta recebendo energia, quando a luz fica vermelha é por que ele esta usando energia da bateria, e nao da rede eletrica.
Bom se o problema veio pela linha telefonica e continua dando problema na placa de rede sua fonte no caso não vai adiantar em nada nesse caso.
Pelo visto com esse raio que deu ai das duas coisas uma, ou sua placa-mãe esta danificada e morrendo aos poucos, ou sua linha telefonica ainda esta em curto por causa do raio, fazendo as placas de redes danificarem.
Acredito que esse procedimento não vai ser tão útil no seu caso.