Também uso o Intellij, realmente é um porre compartilhar projeto Swing do NetBeans, porque o código é todo travado para o funcionamento dele (perceba que em muitos lugares você vai ver uns comentários estranhos marcando o início e o final do método). O Intellij consegue editar isso, mas se você remover essas marcações, ou posicionar elas em um lugar diferente, o código para de funcionar corretamente no NetBeans, então tome cuidado para preservar as marcações.
Outro ponto é que o editor de interface gráfica do NetBeans não é compatível com o Intellij, porque o NetBeans injeta uma bibioteca chamada NullLayout, ela é a responsável pela facilidade de arrastar os componentes livremente pelos painéis. Essa biblioteca é interna do NetBeans, sendo um pouco complicado adicionar ela no Intellij.
Falando a nível de código, podemos citar a formatação. O NetBeans formata usando um estilo e o Intellij usando outro, mas isso pode ser ajustado nas configurações do Intellij.
Enfim, é possível usar o Intellij para trabalhar com outras pessoas usando o NetBeans, sóprecisa ter um pouco de paciência e cuidado para não quebrar o código dos outros. Sobre o editor de interface gráfica, não tem muito jeito, ou você não mexe nela, ou usa o NetBeans junto com o Intellij.