1- Que eu saiba, programa instalado em uma partição, fica nela apenas, sem ser possível mover. Talvez exista alguma forma( que eu não conheço ).
2- Sinceramente, na minha opiniao, hd é tudo igual, o que muda é questão de rpm, cache, tamanho. Os RPM's falam a "velocidade" que poderá ler/escrever os arquivos, existem(mais comuns) 5400/7200 rpm, esses rpm não são realmente a velocidade de leitura/escrita, e sim que o disco gira para poder fazer alterações. CACHE é digamos que um local do hd onde tem um "privilégio", apenas para arquivos pequenos que são bastante usados, normalmente se pega 64mb, mas é possível achar alguns de 32mb(não muito recomendados). TAMANHO é basicamente a quantidade de TB/GB para armazenar seus arquivos. De resto, não há diferença, é mais nome do que desempenho mesmo.
3- melhor ter 2hd de 1tb! Caso queime 1, terá o outro. Caso queira fazer raid0, poderá fazer, nunca vi raid0 de hd, não sei se há um bom desempenho, mas creio que há uma grande possibilidade de queimar seus hd's