Workstation para química computacional e projetos de engenharia química

[mussum.quimica]

Opa, salve salve

Estou orçando algumas peças e componentes para um PC que para mim vai ficar muito bom, mas gostaria de recomendações e dicas em relação aos componentes e sobre detalhes intrínsecos aos mesmos. O objetivo da maquina é diversificado, mas e focado principalmente em trabalhos que exigem alta capacidade de renderização e também para rotinas de cálculos relativamente pesadas e obviamente para alguns jogos legais no ultra mode.

Depois de exaustiva pesquisa em placas destinadas a servidor, que possam vir a ser utilizadas em uma workstation cheguei a seguinte configuração. Vale salientar que tomei como referência a workstation Z820 da HP.

Processaodor: 2x Xeon E5-2670 2.6 GHz 
placa-mãe: Supermicro X10DRL-C
Memória: 8x 4Gb DDr4 ECC 2133 MHz
Armazenamento: 3x HD 1TB Seagate (SATA)
Refrigeração: 2x Coolers para servidores Intel LGA 2011 (Duvida entre WC)
Adaptadores de video: 2x adaptadores PCIe 8x para PCIe 16x , 1x extensor PCIe 16x
Placa de vídeo: 3x Gtx 1080 Ti 8Gb
Placa de som externa Sound Blaster X-fi 5.1 Surround pro
Fonte: 1200w real (Duvida entre as marcas Cougar e Crosair) (Obs.: apesar da placa ser para server ela utiliza fonte convencional e não redundante)


Gabinete eu mesmo irei fazer, vai ficar relativamente feio pois vou fazer uma estrutura simples em alumínio no interior de uma gaiola de Faraday (não vou usar nenhuma transmissão se não por cabo), revestida em acrílico. O controle interno de temperatura irei elaborar com arduino-pid, assim sempre que a temperatura no interior estiver superior a do exterior em 20% ele acionará um cooler do tipo E5, que deslocara mais rapidamente o calor interno e o dissipado pelas aletas e pelo revestimento de alumínio da memória e também o emanado da placa, criando um vazão de 6x o volume interno do "Gabinete". Dai gostaria de ouvir de vocês se essa configuração esta boa em relação ao valor que pretendo investir, ou o que posso melhorar sem fugir muito do que posso investir nisso. Como tomei base com o Z820 , creio que essa configuração esta relativamente mais barata que o mesmo. Gostaria de saber também o nome de algum mostrador digital que me permita saber todas as informações da maquina em um painel de lcd ou similar.

Paz.

[Evandro]

@Diogo Dias_709621 eita!

 

Vais rodar o que aí, o Gaussian, GROMACS?

 

1200W eu acho que vai ser pouco pra tanto poder de consumo elétrico, eu consideraria um cluster beowulf, se você tiver tempo e paciência pra configurar, além de espaço.

 

Eu ainda montaria uma máquina só pra jogatina e deixaria as outras para os cálculos.

3 GTX 1080 Ti pra jogos é uma enorme desperdício de dinheiro, em minha modesta opinião.

A não ser que você tenha um punhado de Monitores/TVs 4K. (e ainda sim, acho exagero)

[mussum.quimica]

Sim, Gaussian , Gromacs, Spartan entre outros, ai depende do tipo de situação. O gausian e melhor para resultados numéricos ou seja cálculos demorados, tipo para fazer o mapa eletrostático de um único e misero elétron em relação a uma carga no infinito pode colocar ai 900 cálculos por baixo, sem considerar as operações associadas, se formos para sistemas maiores com sei lá 100, 200, 300 ou milhares de elétrons a coisa fica ***** e acho que o Gausian nem seguraria a onda (Mas meu objetivo e chegar lá kkkk). o Gromacs e mais para modelagem de coisas complexas mesmo tipo DNA (visualizar todas as suas bases)  ou moléculas também biológicas extremamente complexas como toxinas e etc... para poder acessar as regiões de interesse nas mesmas tem que ter uma capacidade boa de renderização, ficar esperando 1 hora para ficar nítida uma imagem nem rola. Outro lance também são simulações de reatores, uma vez determinada a reação projetar o equipamento que o faça e simular seu funcionamento, mais cálculos e mais renderização. Cara o lance das três placas, já tinham me dito ser exagerado mesmo, mas em relação aos monitores pretendo usar três 1 de 32 4k e 2 de 22 normais. Tipo, a quadro top mesmo e fora de questão, só o que quero investir já vai isso, em relação ao cluster não faço a menor ideia de como funcione, mas a universidade tem um dedicado ao laboratório de química computacional e não sei o tipo que é, a ideia e ter algo para trabalhar em casa com auto desempenho. Nisso que me disse das placas, 1 só esta de boa, ou vale mais a pena investir em uma quadro, tem uma que custa o preço das três 1080 que me chamou a atenção. 

[moraesandre1975]

Tira essas GTX 1080ti e coloca uma NVIDIA Quadro  das boas que fica melhor que essas 3x GTX 1080ti 

[mussum.quimica]

Estou pensando na PR4000 de 8Gb é mais eficiente que 3x 1080 ????

[moraesandre1975]

Cara eu tinha uma k2000D , usava em projetos no  solidworks e  bateu a minha GTX 1080 imagine essa ai PR4000 , as quadros são as melhores placas da NVIDIA . 

Nenhuma GTX  bate elas 

[Evandro]

@Diogo Dias_709621 um amigo aqui do fórum conseguiu a proeza de derrubar um servidor da UFRN com 1 TiB de RAM num cálculo "simples" do Gaussian. (ia simular 5 moléculas interagindo, acho que em 6-31G.. e o cálculo não rodou)

Esse buraco é beeeeeeem mais embaixo.

 

Eu perguntei sobre os programas porque o GROMACS (e acho que o NAMD também) podem usar placas de vídeo como co-processadores, aí você consegue sistema bem complexos e rodando muito mais rápido do que com um caminhão de processadores, o Gaussian eu acho que não chegou nisso ainda, pelo menos quando eu usei era CPU pura.

 

Pra renderizar imagens eu nunca precisei de GPU forte, nem no Pymol e nem no VMD, de fato, era tudo CPU.

 

O cluster beowulf é o "cluster de pobre".

Ao invés de você gastar 30 paus num servidor Dell com 4 processadores por placa-mãe, você gasta 30 paus em 6 belas máquinas com peças "comuns" e tem mais poder de processamento, o que te garante bastante flexibilidade com as máquinas (pra manutenção, pra upgrades), custando um pouco em estabilidade do sistema (servidores tem bem menos chances de travar ou errar cálculos (mas não que os computadores normais façam isso o tempo todo) e espaço.

 

O pessoal do TI aí da universidade vai saber configurar isso, esses caras são feras.

 

Sobre as placas de vídeo, a Quadro é pra trabalho (ela tem precisão dupla, as Geforce não), a Geforce pra jogatina, reitero meu conselho de separar uma coisa da outra.

adicionado 0 minutos depois

1 minuto atrás, moraesandre1975 disse:

Cara eu tinha uma k2000D , usava em projetos no  solidworks e  bateu a minha GTX 1080 imagine essa ai PR4000 , as quadros são as melhores placas da NVIDIA . 

Nenhuma GTX  bate elas 

 

Vamos pontuar isso que pode ser mal interpretado..

 

As Quadro e as Geforce são exatamente iguais, o que muda é a BIOS e os drivers.

[moraesandre1975]

Quadro P5000 vai de boa e custa menos que 3 GTX 1080ti

[mussum.quimica]

 

Citação

Evandro
 um amigo aqui do fórum conseguiu a proeza de derrubar um servidor da UFRN com 1 TiB de RAM num cálculo "simples" do Gaussian. (ia simular 5 moléculas interagindo, acho que em 6-31G.. e o cálculo não rodou)

Esse foi ninja em, sera que estava usando HF com essa base, agora fiquei curioso para saber quais moléculas eram, devia estar vendo alguma interação catalítica bem complexa hasuasuasuas. 
Viaja no Spartan na maquina que tenho que uso um i5-3330 , essa molécula aqui ja da uma travada apenas, para acertar a conformação (não sei o que é, so criei uma coisa grande para mostrar as limitações ) , depois de acertada quando vou visualizar o modelo 3d ai que buga mesmo. Então se eu for tentar mexer aqui com coisas bem complexas, principalmente interações molécula molécula ai que a coisa piora completamente, dai fica *****. Tipo leio um artigo, vejo o que foi feito mas na hora de replicar o experimento não rola sacou...E olha que usei o spartan que tem uma interface super amigável, no caso do gaussian eu teria que calcular, obter os resultados e visualizar depois, então são dois trabalhos, e ***** ***** meu pc para isso esta uma carroça, com o GROMACS no máximo que poderia fazer e visualizar mal mal um nanotubo de carbono e ainda sim com grandes limitações.

[Evandro]

Spartan nunca me deixaram usar..

 

Sobre tua molécula sapécula aí, por que minimiza por MM antes?

 

Essa travada vai dar mesmo, até em MM, tem muita gente se batendo aí, mas pra visualizar, qual é a placa de vídeo?

Sobre a conta, já comuniquei quem pode te ajudar.

[mussum.quimica]

Eu tenho uma GTX 560 Ti. A questão de minimizar e apenas para realizar os cálculos a partir de uma molécula mais estável conformacionalmente falando, na hora que faço o desenho 2D , não da para descrever o grupo acima ou abaixo do plano (daria muito trabalho ir mudando as ligações de cheia para pontilhada), dai o software joga ela para o estado mais estável. A partir dai eu escolho o método para submeter e fazer o replace, ai sim gerar o mapa eletrostático, joguei aqui para fazer o cálculo da energia usando HF 6-31G* , começou a calcular eram 22:53 , ta com uma demanda de 100% da CPU e a memória esta em 50%, mas se eu parar de navegar abaixa para 35-40%, e muita sacanagem, ficar à toa olhando pro nada. Agora para renderizar o mapa eletrostático vai ser outro deus nos acuda, e quando não deixo os espectros franjados a nuvem eletrônica fica com aspecto de grosseiro, muito mal definida, não fica com aquele aspecto plástico uniforme.

adicionado 14 minutos depois

Citação

 

Cara eu tinha uma k2000D , usava em projetos no  solidworks e  bateu a minha GTX 1080 imagine essa ai PR4000 , as quadros são as melhores placas da NVIDIA . 

Nenhuma GTX  bate elas 

 

Boto fé, eu vi algumas coisas de que em hospitais eles usam as quadros para gerar imagens de raman, partindo disso eu pensei que seria exagerado ter isso mas ouvindo de alguém com experiência fico mais aliviado. Outra coisa, no sold com essa k2000D, ficava macio o uso em montagens grandes de tipo 40 peças? Você usa o flowsimulation ? Usa o Ansys também? Como era o desempenho no Ansys na hora de ver o funcionamento de por exemplo um  trocador de calor casco tubo (ou algo do tipo)???

[moraesandre1975]

Eu não cheguei a usar em todos os módulos do solidworks , mas uma coisa eu garanto aquela sombra borrada que aparece em baixo do desenho , na quadro é um reflexo da peça. 

Mas eu estava pensando vocês vão usar para cálculos , já viram a TESLA , são voltadas para cálculos , eu acho que seria bom para vocês . 

Junto com uma quadro .

[mussum.quimica]

Não si de qual tesla esta falando, mas se for a que estou pensando e muita grana.... .

[moraesandre1975]

NVIDIA tesla , tem umas no mercado livre no valor de uma GTX 1080ti 

[mussum.quimica]

A sim, mas os modelos que você apontou não parecem valer a pena, eles perdem para a gtx 1080 ti nos benchmarks que andei olhando, inclusive fiz umas comparações com a 1080 ti e uma quadro se não me engano a k5000, a 1080 deixou ela no chinelo. Da uma olhada nesse link https://www.futuremark.com/hardware/gpu dando um ctrl-f não achei a tesla. O link que permite comparações direta, ta perdido aqui no histórico depois eu encontro ele e posto, mas a gtx até então esta sendo a melhor valia em relação custo e benefício.E outro fator também é que os preço do mercado livre são fantasiosos, e ao meu ver bem engana bobos, lá tem que comprar com estratégia se não tem os olhos furados sem sair de casa.   

[moraesandre1975]

Se fizer uma comparação entre elas em jogos o quadro perde , mas na parte de cálculos ela leva vantagem em cima das GTX .

Qualquer CAD é recomendado as NVIDIA quadro .

Mas cada placa de vídeo tem sua área específica de trabalho .

 

[mussum.quimica]

Estou ponderando bem essa questão da placa de vídeo e acabei me deparando com um problema, a placa X10DRL-i tem o intel c612, que não suporta o 2670v1 , tinha achado um par destes a um preço muito bom, porém a x9 da supermicro ( não a x99 Asrock ) custa um absurdo, não entendo como tecnologia velha pode ser mais cara que a atual, essa X10DRL-i consegui a um preço que posso dizer ter sido de graça, agora o lance e que vou readaptar os processadores, a sorte foi que parei para ler as infos do 2670 e vi que ele so aguenda DDr3 mas a placa e DDr 4, então vou ter que me direcionar para outros processadores. Alguém ai já comprou, processadores no Ebay , se sim me digam se vale a pena usar aquele esquema deles de cobertura de tributação ou se vale a pena esperar a alfandega taxar. Estou olhando algumas coisas V4, muito mais vantajoso e provavelmente consigo passar para frente mais rápido quando cair o preço das coisas melhores.

[Evandro]

@mussum.quimica colocar "servidor" no nome das peças é a mesma coisa que colocar "gourmet" em comida.

[Jefferson A Rocha]

Olá estou tentando montar 2 computadores, um para rodar cálculos de otimização usando o GAUSSIAN, e outro para dinâmica molecular. Eu estava olhando o debate bem interessante de vocês há 6 anos atrás, e vi que não existem mais esses hardwares que foram mencionados anteriormente. Pesquisei com alguns colegas que fazem cálculos de me informaram que para rodar o gaussian preciso investir em CPU (processador 12-core, 24-threads e memória RAM, 64gb ) com essas configurações no mínimo. Ja para dinamica molecular usando o GROMACs preciso investir em GPU, com uma boa placa de vídeo por exemplo (Placa gráfica MSI GeForce RTX 3090 Ventus 3X 24G OC - 24 GB GDDR6X ) processador menor e memória 8Gb. É isso mesmo? Como vocês avaliaram o desempenho das suas máquinas nesse período?