A diferença é pequena mesmo, alguém aí postou um review feito pelo CDH e o desempenho foi apenas medíocre. Bons water coolers têm desempenho melhor, mas é improvável que coloquem um cooler top "de graça" junto com uma CPU.
Acho que ninguém entendeu direito o espírito da sua pergunta. Bom, primeiro, os water coolers, apesar do nome, não usam água, e sim um líquido especial. E sim, a mesma quantidade de calor que o líquido absorve no dissipador ele tem que jogar fora no radiador, pra temperatura se manter em equilíbrio. Discutir calor específico nestes termos não ajuda em nada. Mas ele é, sim, importante, porque a velocidade de transferência de calor é proporcional à diferença de temperatura. Então, um líquido com elevado valor de calor específico, como a água, consegue absorver bastante calor sem aumentar de temperatura e, portanto, mantendo a velocidade de transferência alta. Um líquido que tivesse esse valor baixo, absorveria pouco calor e pronto, já entrava em equilíbrio térmico com o dissipador, interrompendo a transferência. Mas a principal característica do líquido é a condutibilidade térmica. Ele precisa esquentar e esfriar rápido, que nem o cobre, pra sair quente do dissipador e voltar frio.
Mas não é esse o principal motivo da eficiência desses coolers em comparação aos de ar. Ambos são muito parecidos na parte do dissipador, a estrutura que fica em contato com o processador, retirando calor deste. A diferença é como eles retiram o calor do dissipador e é aí que o bixo pega. A transferência de calor se dá basicamente através de irradiação e contato. A irradiação funciona da mesma forma pros dois coolers, então vamos analisar o contato. Coolers a ar dependem do ar pra retirar calor do dissipador, mas as moléculas de um gás estão a uma distância muito maior uma das outras do que num líquido. A transferência por contato só acontece quando uma dessas moléculas colide com o dissipador, roubando energia. Já no water cooler, as moléculas do líquido estão muito mais próximas umas das outras e as colisões são muito mais freqüentes, roubando mais energia mais rápido. É aí que mora o segredo dos water coolers, eles esfriam o dissipador mais rápido.