Eu tenho uma opinião um pouco diferente da maioria.
Claro que resfriar a placa lógica seria importante, se essa esquentasse de verdade. O que parece não acontecer. Eu nunca vi um chip de placa lógica de HD esquentar como um processador, ou mesmo uma northbridge (ou uma southbridge das atuais, que esquantam pra caramba).
O que esquenta é a carcaça. Mas a carcaça não tem problema, ela pode esquentar o quanto quiser.
O verdadeiro problema são os discos... Os discos de alumínio cobertos por uma fina camada magnética, nessa camada são gravadas as informações por meio do alinhamento dos ímãs elementares do material.
Mas sabemos que o aumento da temperatura faz aumentar a agitação térmica das moléculas, o que tende a desalinhas esses ímãs elementares, desta forma apagando a informação.
Tanto que, para desimantar um ímã, a maneira mais fácil é aquecendo o mesmo.
Claro que as ventoinhas comerciais são feitas para resfriar a placa dos HD´s, e essas ventoinhas devem ser utilizadas para isso.
Mas nada impede que, por exemplo, alguém cole um dissipador retirado de um cooler de k6 na parte de cima do HD, e use um fan de gabinete para circular ar por esse cooler.
Existem alguns HD´s de 10000RPM da WD que têm um dos lados cheios de "aletas", no próprio chassi, de modo a resfriar o HD...